在驱动绿色发展的制度体系中，不同的制度常常具有某种替代性和互补性。当两种不同的制度可以达到相近的制度绩效时，我们称这两种制度具有替代性；当两种不同的制度组合可使制度绩效大于二者各自独立的制度绩效之和时，则称两种制度具有互补性。若不辨析把握制度之间的相互关系，就容易出现下列问题。

　　一是制度竞争力问题。忽视制度的替代性可能会延误制度的优化选择，削弱制度的竞争力。二是制度短板问题。制度创新更多是指制度体系的创新而非单个具体制度的创新。需要及时发现弥补制度体系短板。三是制度冲突问题。仅从部门而非整体的角度考虑制度建设，可能导致制度冲突。四是制度效率问题。具有互补性的制度往往会产生“1+1＞2”的制度绩效。五是制度导向问题。以市场为导向的制度往往会考虑成本—收益的比较，而以政府和社会为导向的制度往往会忽视成本—收益的比较。

　　驱动绿色发展的制度创新思路包括：一是基于制度的替代性进行绿色制度的优化选择。不同的制度对绿色发展的作用可能大相径庭，需要深刻了解、准确把握每一种制度的比较优势，选择更具竞争力的制度。需要注意的是，公共选择往往涉及政府自身的偏好，科学合理的决策机制尤为重要。二是基于制度的互补性进行绿色制度的耦合强化。当两种或两种以上制度组合的绩效好于两种或两种以上制度各自单独的绩效之和时，应该鼓励绿色制度的耦合强化。三是基于制度可能的冲突性进行绿色制度的相互协调。以绿色发展为指向的相关部门，应系统梳理优化各自的制度，彼此协调对接，直至形成指向一致的制度合力。四是基于制度可能存在的短板，建立制度的查漏补缺机制。制度的查漏补缺是一种常态化机制。只有建立健全完善的自然资源产权制度体系，才有可能实现绿水青山的价值转化。五是基于制度的效率问题进行绿色制度的绩效考核。一项制度的确立，只有实施收益大于实施成本才是可行的。一个制度要替代另一个制度，必须以新的制度绩效大于旧的制度绩效为前提。